Objetivo: evaluar la presencia de metabolitos organofosforados en la orina de escolares rurales y estimar la asociación con el desempeño cognitivo. Metodología: estudio exploratorio de diseño transversal. Se midió en 25 niños el funcionamiento cognitivo con el test de inteligencia wisc-iii y concentraciones de metabolitos organofosforados en orina. Resultados: 56% de los niños presentaron concentraciones sobre el límite de detección para el dimetilfosfato (dmp) y el dimetiltiofosfato (dmtp), y 92% presentó el metabolito dietilfosfato (dep) sobre este límite. En el wisc-iii,el coeficiente intelectual (ci) bajo el promedio (ci ˃ 90) corresponde a: ci total = 60%; ciejecución = 64%; civerbal = 52%; ci organización perceptual = 60%; civelocidad de procesamiento = 95%; y ci ausencia de distractibilidad = 64%. Se encontró una asociación inversa entre el factor velocidad de procesamiento y el dmtp (rs = –0,44, p = 0,014). Conclusiones: los resultados indican exposición a plaguicidas organofosforados en escolares rurales medidos con biomarcadores de metabolitos organofosforados en orina. Se observó relación entre la presencia de un metabolito organofosforado y un factor de desempeño cognitivo de la prueba wisc-iii. Se considera pertinente evaluar los efectos de la presencia de metabolitos organofosforados en el funcionamiento cognitivo en una muestra mayor, considerando otras variables de exposición.