El objetivo del artículo es dar a conocer los resultados de una investigación llevada a cabo en base al registro de denuncias de discriminación por orientación sexual en el sistema escolar chileno entre los años 2009 y 2015. El catastro de esa información, proveniente de todas las regiones del país, fue elaborado por el Ministerio de Educación de Chile (MINEDUC). De ese catastro se extrajeron las denuncias específicas relativas a discriminación homofóbica. La muestra estuvo conformada por 95 casos, de los cuales el 61,5% correspondió a mujeres y el 38,4% a hombres. La metodología empleada privilegió el análisis cualitativo, siguiendo los supuestos de la Teoría Fundamentada. El análisis textual se hizo teniendo como referencia las anotaciones del funcionario del MINEDUC que acogió la denuncia, las cuales fueron conservadas en su forma original, respetando las expresiones y énfasis dados al discurso. Los resultados se presentan a través de dos codificaciones axiales, una de ellas referida a las causas que motivaron la discriminación en los establecimientos denunciados y la segunda a los efectos psico-emocionales, sociales y pedagógicos que ocasionó esa discriminación en las víctimas. En la codificación selectiva, se caracterizaron los elementos constitutivos de la discriminación homofóbica presente en el sistema escolar chileno en el período en estudio. Los principales hallazgos de la investigación muestran que las causales que suscitaron las denuncias estuvieron motivadas por medidas disciplinarias adoptadas por los establecimientos educacionales, consideradas arbitrarias por los denunciantes. Medidas que buscaban reprimir y sancionar a los estudiantes LGBT disidentes sexuales, con el consecuente reforzamiento de la homofobia escolar.