La preocupación por la Inclusión surge como consecuencia de los altos niveles de exclusión y desigualdades educativas, a pesar de las diversas reformas y programas que se han generado para aumentar la calidad y equidad de la educación en nuestro país (González, 2008). En la presente investigación se analizan las percepciones de bienestar y autoestima que poseen los estudiantes de 1° a 4° medio, con necesidades educativas especiales (NEE), pertenecientes al programa de integración escolar (PIE). Ésta es una investigación cualitativa que no busca la generalización de los resultados, sino que conocer la realidad de un grupo de estudiantes en particular y para ello, se utiliza la técnica focus grup, además de la entrevista semi estructurada para contrastar la información. La investigación es llevada a cabo por medio de un análisis de contenido, observando en los resultados un bajo nivel de bienestar y autoestima en los estudiantes con NEE, debido principalmente a la segregación, estigmas y prejuicios de la que son víctimas por obtener un bajo rendimiento escolar y pertenecer a un PIE; Si bien los programas trabajan en la vinculación, confianza, aumentar los niveles de bienestar y autoestima, aún los esfuerzos no son suficientes, y esto se debe a que el programa plantea su trabajo desde la carencia de los estudiantes, no desde su potencialidad, además el trabajo es llevado a cabo solo por un grupo de profesionales y no trabaja toda la comunidad educativa en actividades, metodologías y la valoración de los estudiantes como seres únicos y diversos a la hora de lograr obtener aprendizajes de calidad.