Sternula lorata, llamado comúnmente gaviotín chico, es un ave marina endémica de la Corriente de Humboldt que se distribuye desde la Isla El Muerto en el Golfo de Guayaquil (Ecuador), hasta el borde costero de la Región de Antofagasta (Chile), siendo la Bahía Mejillones el sitio reproductivo más grande conocido. Las poblaciones de esta ave se ven enfrentadas al acelerado desarrollo industrial y turístico, así como a la presencia de perros asilvestrados, por lo cual la especie se encuentra categorizada “En Peligro” de extinción. Actualmente, no existen estudios genéticopoblaciones ni reportes de marcadores moleculares específicos para gaviotín chico. El desarrollo de nuevos marcadores moleculares, en conjunto con tecnologías NGS y análisis computacionales, resultan ser metodologías apropiadas para la estimación del grado de diversidad genética presente entre las poblaciones. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue desarrollar marcadores moleculares específicos de Sternula lorata para utilizarlos en futuros estudios genético-poblacionales. La metodología incluyó la secuenciación Illumina® de una muestra de ADN de S. lorata, la identificación de loci SSR y selección de marcadores microsatelitales polimórficos, y el ensamblaje de genes mitocondriales y posterior diseño de partidores especie-específicos. Los resultados preliminares muestran la identificación de cinco loci SSR polimórficos, el ensambe completo de los genes mitocondriales cytb, cox1 y nd2 (1.143 pb, 1.551 pb y 1.039 pb, respectivamente) y la caracterización de los productos de amplificación para los tres marcadores mitocondriales propuestos (con tamaños entre 600 y 900 pb). Ambos grupos de marcadores genéticos serán útiles en estudios moleculares para el análisis de la estructura genéticopoblacional de S. lorata, contribuyendo así con información relevante para los planes de manejo actuales y futuras implementaciones de medidas enfocadas a la conservación de esta especie.