Gomortega keule es un árbol endémico de Chile en peligro de extinción que se encuentra disperso entre las regiones del Maule y Bío Bío. Produce un fruto comestible ovoide de color amarillento en la madurez, que podría ser una alternativa para la agricultura de la zona. Pese a esto, en la actualidad no se han caracterizado variedades o cultivares agrícolas, siendo un árbol poco estudiado. El objetivo de este trabajo fue la utilización de marcadores moleculares SSR (microsatélites) como herramienta molecular para la identificación de genotipos de G. keule. Se analizaron 10 genotipos (9 cultivados in vitro y 1 árbol establecido) con 10 partidores microsatélites. Como resultado se logró amplificar una cantidad de 56 alelos, con un promedio de 5,8 alelos por locus. Finalmente, se logró identificar el perfil genético para todos los individuos analizados, generando 10 perfiles genéticos diferentes entre sí, lo que implica la presencia de 10 genotipos bien diferenciados. El estudio muestra la eficacia en la utilización de los partidores SSR para la identificación de genotipos, siendo una herramienta altamente discriminativa. Además, queda de manifiesto la importancia de realizar más estudios sobre los perfiles genéticos, para generar una base de datos que nos ayude a identificar y diferenciar variedades de G. keule con caracteres de interés para la agricultura.