Introducción: La práctica de actividad física regular previene enfermedades cardiovasculares (ECV) y aterosclerosis, además de mejorar el perfil lipídico y la capacidad funcional en adultos de la tercera edad. Objetivo: Evaluar y comparar el perfil lipídico, desempeño funcional e índice tobillo-braquial (ITB) en adultos de la tercera edad sedentarios y activos. Métodos: Se trata de un estudio comparativo y transversal, con 84 adultos de la tercera edad (≥ 60 años) de ambos sexos, divididos en dos grupos: grupo sedentario (GS, n = 50) y grupo activo (GA, n = 34) según el Cuestionario Internacional de Actividad Física (IPAQ). Fueron realizadas evaluaciones antropométricas, hemodinámicas, índice tobillo-braquial (ITB) y tests de funcionalidad (Short Physical Performance Battery - SPPB y Test de Caminata de 6 minutos – TC6). Además, se utilizó el test de normalidad Shapiro-Wilk y en la comparación entre los grupos se usó el test t-Student y el test Mann-Whitney. Ya para los datos categóricos se usó el test exacto de Fisher (p <0,05). Resultados: Se verificaron en el GA valores mayores de lipoproteína de alta densidad (high-density lipoprotein cholesterol, HDL-c) (p = 0,001) y menores de triglicéridos (TG) (p = 0,007) cuando comparados al GS. En la evaluación ITB, se observó que el GA mostró mejores índices de ITB derecho (p = 0,012), izquierdo (p = 0,015) y final (p = 0,004) cuando comparado al GS. Hubo mejores resultados del GA en el desempeño funcional en la evaluación SPPB (p = 0,0007) y en el TC6 con mayor distancia recorrida (p = 0,0027). En las medidas antropométricas, el GA presentó menor índice de masa corporal (IMC) (0,041) y circunferencia abdominal (CA) (0.029). En la incidencia de las enfermedades referidas, sólo la hipertensión presentó resultados diferentes entre los grupos (0.029), siendo que el GA tuvo menor incidencia de hipertensión. Conclusión: Los adultos de la tercera edad activos presentaron mejor perfil lipídico, mayores niveles de ITB, mejor desempeño funcional, además de menor masa corpórea, menor circunferencia abdominal y menor incidencia de hipertensión en comparación a los sedentarios. Nivel de evidencia I; Estudio prospectivo de alta calidad.