Introducción: La aptitud física junto al índice de Masa Corporal (IMC), resultan necesarios para la toma de decisiones referentes a la salud, permitiendo la implementación de programas de actividad física en la escuela. Objetivo: a) Relacionar el IMC con la auto-percepción de la aptitud física y b) verificar las diferencias de la auto-percepción de aptitud física de adolescentes con y sin exceso de peso corporal. Métodos: Se efectuó un estudio de tipo descriptivo (correlacional-comparativo). Fueron seleccionados de forma no-probabilística (accidental) 306 adolescentes (123 hombres y 183 mujeres) con un rango de edad entre 14,0 a 18,9 años. Se evaluó el peso y estatura. Se calculó el Índice de Masa Corporal (IMC). Se aplicó una escala para medir auto-percepción de la Aptitud Física. Resultados: El IMC se relacionó negativamente con la auto-percepción de la aptitud física de adolescentes de ambos sexos. En los hombres la relación fue de R2= -0,283 y en mujeres de R2= -0,145. En las comparaciones en relación a las dimensiones de la aptitud física entre adolescentes con y sin exceso de peso, se observó diferencias significativas en ambos sexos (p<0,05). Conclusión: Se determinó que un elevado IMC afecta negativamente la auto-percepción de las dimensiones de la aptitud física de adolescentes de ambos sexos. Estos resultados sugieren que la percepción de la dimensión morfológica, muscular, motora y cardiovascular debe ser estimulada y trabajada en los centros escolares para promover actividades físicas, especialmente en adolescentes con exceso de peso.