La conciencia fonológica aparece en la literatura como uno de los mayores predictores del aprendizaje y, consecuentemente, como uno de los mecanismos fundamentales para alcanzar el dominio de la lectura. Aunque existe un amplio cuerpo de investigación en este ámbito, hay escasos estudios que muestran cómo estas habilidades fonológicas se desarrollan en estudiantes con características intelectuales o cognitivas atípicas. El presente estudio tiene por objetivo caracterizar el nivel de habilidades de conciencia fonológica en estudiantes con funcionamiento intelectual limítrofe atendidos en programas de integración escolar, a través de la aplicación de la Prueba de Evaluación de Conciencia Fonológica. Los participantes fueron 37 estudiantes con diagnóstico de función intelectual limítrofe, que cursaban entre primer y tercer año de educación primaria, con diagnóstico de función intelectual limítrofe. Los resultados muestran un descenso heterogéneo importante en el desarrollo de las habilidades fonológicas evaluadas, lo que preliminarmente indicaría un alto grado de riesgo en la adquisición de nuevos aprendizajes, así como también en la proyección y avance académico de los estudiantes. Adicionalmente, se discuten las implicancias para la práctica pedagógica, política y futuras investigaciones en este ámbito.