Introducción: Las investigaciones de percepción de estudiantes sobre el desempeño del profesorado son fundamentales para estar al tanto de como el estudiantado se está desarrollando en la educación superior y, sobre todo, conocer quiénes o cuales son los factores influyentes en la formación académica. El objetivo del presente estudio fue: comparar la percepción que tienen los estudiantes de educación física sobre los profesores de dos universidades de Chile. Método: la investigación es de tipo cuantitativo, no experimental de corte transversal. La muestra estuvo constituida por 300 estudiantes de primero a cuarto año de la Licenciatura de Pedagogía en Educación Física. Resultados: Se encontraron diferencias significativas por año académico y entre las universidades donde se realizó el estudio, mostrando que es necesario ahondar en la comprensión de dichos resultados para mejorar las experiencias de procesos de aprendizaje del estudiantado. Conclusiones: Se hacen necesarios futuras investigaciones con otras variables, tales como estilos de aprendizaje, estilos de enseñanza, motivación, entre otras. También es relevante realizar este tipo de investigación de manera longitudinal para comprender de alguna manera las percepciones positivas y negativas y cómo este se podría mejorar para favorecer el clima del aula a nivel universitario.